申报国家自然科学基金（国自然）项目时，是否需要上传转录组数据取决于项目申请指南的要求和评审过程中的具体规定。通常，如果项目研究涉及到转录组数据，且这些数据对于项目的科学价值和结果的可重复性具有重要意义，那么上传这些数据是推荐甚至是必须的。

在撰写申请书时，应该仔细阅读项目指南，了解是否有关于数据共享的具体要求。如果指南中明确要求提供转录组数据，或者数据共享被视为评价项目质量的一个因素，那么在提交申请时应按照要求上传数据。此外，数据上传还可以增加研究的透明度，便于同行评议和后续研究的参考。

在某些情况下，如果数据包含敏感信息或涉及知识产权问题，可能需要通过申请数据保密或申请例外。这种情况下，应在申请书中清楚说明原因，并提出合理的数据管理和分享计划。

总之，在申报国自然项目时，应根据项目指南和评审要求，合理规划数据上传和共享策略，以确保符合基金委的要求，并有利于项目的顺利进行和成果的广泛应用。