在服务区休息一晚上是不会收超时费的。在服务区休息一晚上，只要保留休息时候的相关票据、凭证之类的，比如住宾馆的收费凭证，或者是在服务区购物的小票，出高速收费站的时候，由收费站的工作人员确认无误之后就可以免除超时费。