存入3,000元的活期账户，利率为0.35%。计算20年后的本息合计，公式为：

本息合计 = 存款金额 × (1 + 年利率) 的存款年限

代入数据得到：

本息合计 = 3,000元 × (1 + 0.0035) 的 20年 ≈ 4,271.60元

因此，在农业银行存三千元活期20年，本息合计约为4271.6元。需要注意的是，这个结果仅仅是根据利率计算得出的，实际情况还需要考虑通货膨胀等因素。