结局是：吴大人依然身居高位，而宋慈只能愤然辞官。

大宋提刑官第一部里面的吴大人，性格阴暗，不顾百姓，到最后却一直在升官发财。

尽管宋慈已经掌握了像吴大人这类贪官的罪证并呈送给皇帝，但皇帝最后却将这些证据付之一炬。所以最后的结局是吴大人依然身居高位，而宋慈只能愤然辞官。