按照原厂设定，更换林肯MKX车型右侧手刹泵马达后需要进行配对程序，以确保手刹系统工作正常。手刹控制电脑需要重新识别新的泵马达的参数，如电阻值、转速等，才能正确地控制手刹系统。因此，建议在更换林肯MKX手刹泵马达时，对其进行配对程序以确保车辆正常安全行驶。