曲奇饼干的包装流程一般包括以下几个步骤：

首先，将烘烤完成的曲奇饼干从烤箱中取出。

随后，待其冷却后进行内包装，即将曲奇饼干一个个独立包装起来，这通常借助自动化设备完成，以确保效率和卫生。

然后，合格的包装好的曲奇饼干会被放入外包装盒中，这个盒子通常会印有产品的信息，如品牌、口味、生产日期等。

最后，装有曲奇饼干的外包装盒会被送往仓库储存或者直接送往销售渠道。在整个流程中，需要确保食品的安全卫生，避免曲奇饼干受到污染。