预备党员转正是由所在工作部门办理。

因为预备党员转正需要经过一定的考核和审批程序，需要由所在单位的党组织进行评估和审核。

人事档案所在部门一般只承担具体的档案管理工作，与党组织的考核和审批程序无直接关系。

预备党员转正是一个重要的党员培养过程，在审批流程中还需要充分考虑该党员在工作岗位上的表现和业绩等方面的综合评价。