1. 初审：提交申请材料，进行初步审查。
2. 验资单：提交验资报告，证明原始基金达到200万以上。
3. 原始基金入资：将200万以上的资金以捐赠款的名义入资。
4. 验资报告：提交验资报告，确认资金到位。
5. 签字材料复审：提交签字材料，进行复审。
6. 场地抽查：对实际办公场地进行抽查。
7. 出许可证：完成以上步骤后，将颁发许可证。
需要注意的是，申请上海愿望成真慈善基金会还需要满足以下条件：
1. 实际办公场地：需要有一个符合要求的实际办公场地，最好是商业用地，不要住宅和工用。
2. 人员要求：需要有8个以上的人员，包含成立理事会、监事会，理事会当中包含理事长、秘书长，理事长一般为全职。
3. 设立目的：需要明确设立基金会的目的、经营范围、服务人群等。
4. 其他材料：还需要提交一些章程、可行性报告、核名材料等。
在申请过程中，还需要注意以下细节：
1. 验资报告时，入资200万是以捐赠款名义，不要以其他名义，不能出现任何投资等字眼。
2. 理事会人员为单数，理事长最好是本地人，或者提供居住证。
3. 秘书长需全职，出具全职承诺函。
4. 所有人员兼职的尽量不要全部来自1家公司，分散一点。
5. 理事长不能是任何一家公司或者组织的法定代表人或者负责人。