农村三资管理存在问题主要表现为：村务账目不够清晰且易出现侵占或挪用公款，村级集体资产未得到有效保护，村干部选举产生程序不规范，权力过于集中等。为了整改这些问题，需要从村务管理、财务管理和村级集体资产管理入手，加强对村干部的纪律和法规教育，增强村民自治意识和能力，加强监督和考核，并将问题整改情况向社会公开，倡导村民民主参与村务公开。