看情况，如果包工头是以单位名义聘请员工的话，此时员工与单位建立劳动关系，员工可以申请仲裁；但是如果包工头是以个人名义雇佣的员工，此时员工与包工头建立雇佣关系，员工就不能申请劳动仲裁，只能起诉法院要求包工头支付劳务费及利息。