怀孕建档和独生子女证是两个不同的概念。怀孕建档是指孕妇在医院或相关机构建立的个人健康档案，用于记录孕妇的孕期健康状况和胎儿的发育情况。而独生子女证是指在中国大陆实施计划生育政策期间，由政府颁发给独生子女家庭的证明文件。因此，怀孕建档并不会影响独生子女证的持有情况。