如果业务员给客户回扣被查，其责任在于违反了企业的反腐败政策和法律法规规定，涉及到职业道德和诚信问题。对于企业而言，应该进行风险防范和职业道德教育，以规范员工行为，避免类似事件的发生。同时，企业应该与相关部门与客户进行诚信宣传，倡导公平竞争和合法经营，并加强内部监管，及时发现和纠正问题。

企业应该承担一定的法律责任和经济赔偿责任，对员工进行严肃处理和纪律处分。