北清路位于北京市海淀区，西起京新高速，东至京承高速，全长约19公里，是连接海淀区和昌平区的重要交通干道。北清路的规划方案是将其改造成一条城市快速路，采用主辅路形式，主线设计为双向六车道，辅路为双向四车道。

目前，北清路的部分路段已经完成了改造，采用了主辅路形式，但是否全部都要修成两层，还需要根据具体的规划方案和实际情况来确定。同时，改造工程也需要考虑交通流量、道路安全、环境保护等多方面因素。

因此，无法确定北清路是否全部都要修成两层，需要根据具体的规划和实施情况来确定。如果您对北清路的改造有进一步的关注，可以关注相关政府部门的公告和报道，以获取最新的信息。