工程公司甲方扣款一般是指在工程项目中，扣除承包商或供应商应付款项的一部分，作为保证或赔偿金。

账务处理上，应在业务往来账户上做好相关记录，并在质保期或工程完工后进行结算，根据合同约定计算金额并在资产负债表上进行减记录。同时，应注意要保证账务准确和及时，避免出现账目混乱和资金风险。