报销50%。

根据《新型农村合作医疗实施办法》的规定，甲类传染病的新农合报销比例为50%!。

甲流病毒是一种高传染性的病毒，及时采取有效措施可以有效遏制疫情的蔓延。

同时，如果出现甲流症状，应该及时就医并告知医生是否有新农合，以便享受相关的报销政策。