库卡机器人不运行指令的处理方法有以下几种：

检查硬件故障 。如驱动器、电机等硬件是否损坏，如有部件损坏，及时更换。

检查示教器故障 。如示教器触摸不良、显示不良等，如有部件损坏，及时更换。

检查软件设置 。如配置文件是否错误、控制程序是否设置错误等，如有错误，及时修改。

检查电源和连接 。如检查库卡PC机硬盘是否运行正常、测量库卡PC主电源开机下是否有压降等。

如果以上方法都无法解决问题联系库卡机器人售后服务人员或专业维修人员进行进一步检查和维修。