成都事业单位补扣社保可能是由于以下原因：

政策性补扣。社保政策调整原因，如社保缴费基数、缴费费率因政策变化出现调整，需要补差。

单位工作人员原因。相关工作人员对社保应缴费金额数据处理有误，单位代扣费金额和社保实际应缴金额不一致，需要二次处理。

员工离职结算原因。员工离职时，需要进行社保结算，可能会涉及到补扣社保的情况。

其他原因。如劳动者个人原因、财务对账需要等也可能导致社保补扣。

需要注意的是，具体的补扣原因可能因地区和政策的不同而有所差异，建议咨询相关机构以获取更准确的信息。