根据《中华人民共和国道路交通安全法》和相关法规，杭州区域牌限行违规的处罚方式如下：

1.警告：对初犯的违规行为可给予口头警告。

2.罚款：对违反限行规定的车辆将处以罚款。罚款金额根据情节轻重和交通法规的规定而定。具体罚款标准可以查询当地交警部门的官方网站。

3.扣分：对违反限行规定的车辆将扣除相应的驾驶证记分。根据情节轻重和交通法规的规定，扣分数目不同。

4.暂扣驾驶证：对于严重违反限行规定的驾驶员，交警部门可以暂扣其驾驶证，限期内禁止驾驶机动车辆。

5.拖移车辆：对于严重违反限行规定的车辆，交警部门可以拖移车辆，并处罚相应的罚款和扣分。

需要注意的是，以上处罚方式不一定是独立的，交警部门会根据情况对违规行为采取一定的组合处罚。同时，如果违规行为导致事故，将会面临更严重的处罚和责任。