股市平准基金通过境外账户的主要原因是为了避免影响国内资本市场的稳定。境外账户可以提供一种相对独立的资金操作方式，在不干扰国内市场的情况下，对市场进行调控。

此外，境外账户也具备隐秘性和安全性的优势，可以避免被不良投机者利用。

同时，通过境外账户还可以实现资金的快速调动和灵活运用，更好地应对市场波动。因此，股市平准基金选择通过境外账户的方式进行资金操作，这是出于多重考虑和战略安排的结果。