乙肝患者在报销生育津贴时，公司有可能会知道。生育津贴是由用人单位向医疗保险经办机构申领的，因此，在申请和审核过程中，公司可能会接触到相关的信息。然而，具体是否会被公司发现还取决于多种因素，例如公司的政策、保密措施以及个人与公司的沟通情况等。

另外，乙肝患者在申请生育津贴时，享有与其他职工同等的权利和待遇，不应受到任何歧视或不公平对待。如果公司存在不当行为或侵犯了个人权益，职工可以向相关部门投诉或寻求法律援助。

总的来说，乙肝患者在报销生育津贴时，应如实提供相关信息，并遵守相关政策和程序。同时，也应积极维护自己的权益，确保在申请过程中得到公平对待。