合租入住时间不一样算水费的方法如下：

按天数计算。根据每个人入住的天数，以及总的水费，按比例分摊计算。比如，一共有甲乙丙三人，甲居住10天，乙居住20天，丙居住30天，共消耗水费100元。则甲分摊水费=100÷（10+20+30）×10=16.67元，乙丙同理。

按人头平均分摊。即不考虑入住时间，直接将总水费平均分摊到每个人头上。

如果合租者之间对分摊水费有异议，也可以进行协商，或者安装独立水表来解决。