海关查出携带超额现金的处理办法：

1.扣留超额部分的现金，并暂时存到海关指定的银行里。

2.回国后，由携带者或其亲属到海关申请取回超额的现金。

3.海关根据超带的现金数量和情况，酌情作出处罚决定。

4.取款者拿着处罚决定到银行支付罚款，取回暂存的超额现金。