醉驾拘留三天会留案底。我国《道路交通安全法》规定，在醉酒驾驶机动车的情况下，公安机关有权拘留驾驶员进行调查，并依法依纪作出相应的处理。

一般情况下，醉驾拘留时间在3-15天不等，具体判定取决于案件的性质、情况以及当事人的具体情况。

醉驾拘留属于治安案件，如果被处罚的公民触犯治安管理法规达到两次或一般以上，行政拘留、管制或者留置的记录就被记录在其个人档案中，属于“案底”。因此，醉驾拘留三天会留案底。注意，醉驾属于违法行为，根据不同的情节和造成的后果，还可能面临罚款、吊销驾照、行政拘留、刑事拘留等法律责任。