网上特殊慢性疾病证的办理流程可能因地区和具体的医疗保险机构而有所不同，一般需要遵循以下步骤：

1. 登录当地医疗保险机构的官方网站，进入特殊慢性病申请页面。

2. 在申请页面中填写个人基本信息，包括姓名、身份证号码、联系方式等，并上传相关的医疗证明材料，如病历、诊断证明、化验报告等。

3. 填写申请表格，包括病情描述、治疗情况、用药情况等，并确认申请信息无误。

4. 提交申请表格并等待审核。一般情况下，医疗保险机构会在收到申请后进行审核，如果符合申请条件，就会发放特殊慢性疾病证。

需要注意的是，不同的医疗保险机构对特殊慢性疾病的认定标准和申请流程可能存在差异，因此在申请前最好先了解当地医疗保险机构的具体要求和操作流程。另外，申请特殊慢性疾病证需要提供相关的医疗证明材料，申请人需要确保材料真实有效，以免影响申请结果。