滇红素和古滇红素是两种不同的化合物，它们的主要区别在于它们的结构和来源。

滇红素是一种天然色素，也称为天然茜素。它是从茜草属植物中提取出来的，主要用于食品、化妆品和医药等领域。滇红素分子结构简单，由一个苯环和一个萘环组成。

古滇红素是一种新型色素，也称为蒿甲酮类天然染料。它是从云南省大理地区的某些植物中提取出来的，主要用于食品、饮料、化妆品和医药等领域。古滇红素分子结构比较复杂，由多个环状结构组成。

总体来说，滇红素和古滇红素在应用上有些相似，但来源、分子结构等方面有所不同。