商业贷款转公积金贷款结清商业贷款余款的方法如下：

1、借款人带上相关材料前往公积金中心，提出商转公申请并上交材料，材料包括：

(1)房屋买卖合同原件及发票原件;

(2)原商业贷款借款合同原件;

(3)转贷申请人夫妻双方身份证、结婚证、户口簿原件;

(4)贷款银行打印的余额对账单;

(5)房屋所有权证及国有土地使用权证原件。

2、公积金中心对材料进行初审，委托银行出具信用报告。

3、申请人填写《商业性住房贷款转公积金贷款申请审批表》，然后将申请表带到原贷款银行信贷部门盖章，从银行调出他项权证复印件。

4、借款人带上申请表及他项权证复印件回到公积金中心将其上交。

5、公积金中心再次审核申请，审核通过后，由担保公司出支票，借款人用支票结清原商业贷款余额。

6、最后借款人再回到公积金中心签订公积金贷款合同、担保合同并缴纳担保费即可