热水器加热棒可以放在水里清洗，但需要注意安全和操作方法。首先，要确保加热棒的电源已经断开，避免触电危险。

其次，在清洗加热棒时，需要将其完全浸泡在水中，避免出现局部高温现象，导致加热棒烧坏。同时，使用软刷等工具清洗，并及时将水中的杂质清除，避免堵塞或影响加热效果。

最后，清洗完成后，要将加热棒晾干或用吹风机等工具烘干，避免水分残留导致电机短路。