南京中山植物园并不位于中山陵里，而是毗邻中山陵。南京中山植物园，全称江苏省中国科学院植物研究所（南京中山植物园），位于南京市中山门外的钟山风景名胜区内，与中山陵同属于这一风景名胜区但并非同一地点。中山植物园成立于1929年，是中国第一座国立植物园，集科研、科普和游览于一体，拥有北园和南园两个部分，保存有约12000余种植物。

另一方面，中山陵是孙中山先生的陵墓，位于钟山中茅峰南麓，是一处独立的纪念性建筑群落，包含音乐台、行健亭等多处建筑。游客可以分别参观中山植物园和中山陵，两者相邻但需要分别安排游览。