这两家医院生殖科都很好，没有明确的排名。

因为北医三院和协和医院都是国内一流的医院，生殖科在医院中都是一个重要的科室。

生殖科医生和技术人员都拥有先进的技术和丰富的经验，能够为患者提供专业的治疗和服务。

同时，在生殖科领域，医学技术和科技不断更新换代，两家医院也在积极引进和更新设备和技术，力求提高诊治水平和效果。

如果需要选择医院进行治疗，可以根据自己的实际情况和需要，考虑两家医院的位置、交通等实际情况，同时可以咨询两家医院的专业人士，听取专业意见和建议，最终做出自己的选择。