有可能只会扣掉一次优惠乘车次数，但也有可能会扣掉两次优惠乘车次数，只要根据具体情况来决定。如果在购买中转票期间，两张车票是属于一起购买的，这样就只会扣掉一次优惠乘车次数。但如果是分开购买的，并且在购买第二张车票的过程中，无法提供第一次购买的火车票，就会扣掉两次优惠乘车次数。