专项扣除填写完后并不是立即生效，而是需要经过个人所在的税务机关的审核确认，确认通过后才会在下个月的工资中开始生效。

在审核确认过程中，税务机关会对所填写的信息进行审查，确保填写内容符合相关规定，并与所提供的证明文件相符。

如果审核结果存在任何问题，需要进一步核实，那么专项扣除的生效时间会有所延迟。因此，纳税人需要在每年的税务综合所得申报期内，提前规划并尽早填写专项扣除信息，以确保扣除的准确性和及时性。