两者的性质有所不同。政府拨入专项资金属于所有者投入的资本；而财政奖补适用的是政府无偿给予的资产。这是两者的根本区别。

影响的科目不同，专项应付款使用后形成资产，记入资本公积，影响企业的所有者权益。企业收到的奖补影响利润总额