1.

出境原因不同 港澳通行证,俗称双程证,持有港澳通行证的人可以去香港澳门旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动。 商务签证主要指有关人员因公务或者个人原因去目的地国家从事投资、贸易、会议、展览、劳务等方面事务所进行的实地考察或洽谈。这类人员进入目的地国时需持商务访问签证。

2.

签发机关不同 2019年4月1日起,来港澳通行证、往来台湾通行证等出入境证件实行“全国通办”,即内地居民可在全国任一出入境管理窗口申请办理出入境证件,申办手续与户籍地一致。 商务签证由要去的国家的大使馆,领事馆,或者移民局签发的办公室办理。

3.

种类不同 港澳通行证分为个人旅游、团队旅游、探亲、商务、其他、逗留等种类,商务签证只有一种。