公司申请破产的保护流程如下：

1、公司出现可以申请破产的情形，由债务人或者债权人向人民法院申请破产；

2、人民法院通知债务人；

3、人民法院裁定是否受理；

4、如裁定受理，应当同时指定管理人。

根据《企业破产法》第十一条的规定，人民法院受理破产申请的，应当自裁定作出之日起五日内送达申请人。