国家南海博物馆选址在琼海，主要是因为琼海地处海南岛中部，毗邻海南省省会海口，交通便利，方便游客前往参观。同时，琼海市拥有得天独厚的自然资源和丰富的文化底蕴，是南海文化的重要发源地。此外，琼海市政府也给予了充分的支持和保障，以此为契机，提升当地旅游经济，推动文化产业发展。

因此，国家南海博物馆选址在琼海可以更好地展示和传承南海文化，促进当地经济发展和文化交流。