自家院安马桶管道12米长的情况下，是否能保证水流畅通，实际上取决于多个因素。理论上，只要管道设计得当，坡度适宜，且没有过多的弯曲和堵塞，12米的管道长度是可以保证水流顺畅的。但实际操作中需要注意以下几点：

管道直径：管道直径越大，水流越顺畅。一般来说，马桶的排水管直径通常在100毫米（4英寸）左右，这是比较标准的选择。如果管道直径过小，可能会导致水流不畅。

管道坡度：管道需要有一定的坡度，以便水能够顺利流出。坡度太小可能导致水流缓慢或堵塞。通常，建议的坡度为每米下降50毫米（每英尺下降1/8英寸）。

管道材质：选择耐用、不易堵塞的材质，如PVC或铸铁，有助于保持水流畅通。

管道维护：定期清理管道，避免堵塞，也是保持水流畅通的关键。

综上所述，只要在设计、选材和维护方面注意以上几点，12米的马桶管道长度是可以保证水流畅通的。然而，为了确保系统的正常运行，最好咨询专业的水管工或建筑师，以确保设计和安装符合相关标准和规范。