门诊检查费和药费是否分别算起付线，这主要取决于当地的医保政策。一般来说，医保的起付线是按照每次诊疗来计算的，这意味着每次看病，医保起付线以内的金额都是不报销的，需要自费。但门诊起付线通常是按一个年度累计计算的，从每年的1月1日开始累计，年度内政策范围内医疗费用达到规定的额度之后就可以享受报销待遇。

至于检查费和药费是否分别计算起付线，这并没有一个统一的标准。有的地区或医保政策可能会将检查费和药费合并计算起付线，而有的地区或政策则可能会分别计算。因此，具体的情况还需要根据当地的医保政策来确定。

建议您咨询当地的医保部门或相关机构，以了解具体的门诊检查费和药费起付线政策。同时，也可以关注医保政策的更新和变化，以便及时了解并享受相关的医保待遇。