工程车辆的加油费可以计入运输费用科目或者车辆运营费用科目。运输费用科目包括所有与运输相关的费用，如燃料费、维修费等。车辆运营费用科目则包括车辆的运营成本，如燃料费、保险费、维修费等。根据公司的会计准则和管理需求，可以根据具体情况将加油费计入适当的科目。