如果对方公司账户被冻结，即使您向其开具了发票，也不能保证能够获得相应的付款。因此，最好等待对方解冻账户后再向其开具发票，以确保您的付款得到保障。另外，建议在合同条款中明确账户支付方式和账户冻结情况下的应急处理措施，以减少不必要的经济损失。