公司在遇到员工拒绝短期出差而造成业务损失时，可以采取停薪待岗措施来惩罚员工。但是，这种做法需要遵循法律规定和劳动合同之间的约定，不能违反相关法律法规。此外，公司应该尽可能地与员工进行协商和沟通，寻找共同的解决办法，而不是采取单方面的强制措施。

最好的方式是在员工入职之前就明确相关条款和工作要求，以避免出现类似的纠纷。