顶层业主确实可以在顶楼种菜，但需要考虑一些问题。首先，顶楼环境可能存在阳光、风力等因素，需要根据种植的蔬菜选择合适的环境。其次，需要注意种植容器的选择、土壤的准备和养分的补充等问题。最重要的是要遵守物业规定和相关法律法规，确保种植不会影响到正常的生活和环境。