石竹山九仙宫的来历是传说汉朝何氏九仙在此修炼成仙。

据史料记载，汉武帝时期，江西临川县有一名姓何名崛的人士，因助淮南王刘安有功，而被荐任福州太守。何氏有九子随任赴闽，先在福州于山修道，继隐福清石竹山炼丹悟道。何氏九仙得道后，经常显化于石竹山中和九鲤湖畔，所以福建省境有"春祈石竹梦、冬求九鲤签"的民俗流传。