从云南到南京，最佳路线是乘坐高铁或飞机。因为两地相距较远，沿途的交通不方便且时间较长。可选择从昆明、大理等城市出发，乘坐高铁到达南京站。如果时间紧迫，也可选择直飞南京，航班多且航程短，时间更为便捷。建议提前预订票务，确保出行顺畅。