主缸加亚甲基蓝后几天变清的可能原因是亚甲基蓝起到了抑菌作用，降低了水中细菌数量，减少了水中浊度。

另外，如果水质本身并没有问题，只是有轻微的微生物污染，主缸中的过滤系统和水草可以逐渐将污染物去除，最终使水变清。但是，如果水质本身存在严重问题，加亚甲基蓝并不能解决根本问题，需要进一步了解造成水质问题的原因并采取措施解决。