一箱橘子只有一个坏了的原因可能是：自然腐烂：橘子是一种自然水果，在储存过程中容易受到微生物的侵袭，导致腐烂变质。即使是一个橘子坏掉，也可能感染其他橘子，导致整箱橘子变质。

机械损伤：在橘子采摘、运输和装卸过程中，可能会受到机械损伤，导致橘子表皮破损，为微生物侵入提供了通道，从而导致橘子腐烂。

病虫害：橘子在生长过程中可能会受到病虫害的侵袭，这些病虫害会对橘子造成损害，导致橘子腐烂变质。

储存条件不当：橘子对储存条件要求较高，需要保持适宜的温度和湿度，如果储存条件不当，例如温度过高或湿度过大，也会导致橘子腐烂变质。