申请惠州市零散废水环保办证的流程为：首先进行环境影响评价；然后在环保局提出申请，填写相关表格，提交相关材料，包括施工方案和设计方案；提交审核费用，审核周期一般为30-60天；通过审核后，发放环保许可证。建议申请单位在申请前咨询相关部门或专业机构，确保符合相关法律法规和标准。