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猫咪在怀孕50天时进行B超检查是可以的。B超检查有助于确保胎儿和母猫的健康。在猫咪怀孕大约40天左右，可以通过B超检测到胎儿的头径和心率，从而判断胎儿的大小和健康状况。此外，B超还能显示母猫腹部器官的健康情况。