1. 投资方向不同：货币基金主要投资于短期货币市场上，如银行存款、国内短期债券等，风险较低，收益相对稳定；而基金则是投资于股票、债券、期货等多种市场，风险相对较高，但可能获得更高的收益。
2. 风险和收益不同：货币基金风险相对较低，收益相对较稳定，具有保本性质，收益率一般在3%-4%左右；而基金风险相对较高，收益存在波动性，收益率相对更高，但也存在亏损的风险。
3. 投资门槛不同：支付宝货币基金的最低投资门槛较低，一般在1元左右，适合小额投资；而基金的最低投资门槛相对较高，一般在1000元或更高，适合较大的资金投资。
4. 产品特点不同：支付宝货币基金可以随时买入和赎回，资金到账时间较短，比较灵活方便；而基金通常需要持有一定的时间才能赎回，且在赎回时可能存在费用等问题。