新生儿医保卡在体检的时候，是可以用于支付体检费用的。但新生儿体检收费项目不在医保报销的范围之内，因此新生儿医保卡不能报销体检费用。

如果新生儿住院，在住院过程中一些必要的检查费用，这种属于治疗费用，医保卡是可以报销的。而个人体检的大部分项目，医保都是不报销的。