根据目前的医保政策，新生儿住院超过三个月的费用可以报销。医保会根据实际的医疗费用进行报销，但需要提供相关的医疗证明和发票等文件。具体的报销比例和限额可能会根据不同地区和医保政策有所不同，建议您咨询当地的医保部门或保险公司以获取准确的信息。